Il terzo OAV inizia nei pressi del pianeta Rococò e più precisamente a ridosso della stazione spaziale Terrestre dove è in corso una furiosa battaglia tra la flotta della Federazione e quella imponente di Salene.
L’esplosione di Rinbos ha segnato la fine del cessate il fuoco e lo scontro in atto è per contendersi il predominio del settore circostante, quello stesso luogo dove fu trovata la reliquia della scomparsa civiltà Goda.
Uscendo dal warp, la Yamato appare proprio nel mezzo della battaglia tra la sorpresa dello stesso equipaggio, lo sconcerto della federazione e quello delle forze di Salene, che ora si trovano dinanzi un avversario inaspettato e potente.
Mentre la battaglia è in atto, Rikyard, che era sfuggito vigliaccamente alla morte su Rinbos, approfitta per fuggire dalla Yamato a bordo di una navetta di salvataggio e fa ritorno tra le truppe di Salene che poco più tardi saranno poi sbaragliate dai cannoni della Yamato e da quelli dei nuovi contingenti terrestri sopraggiunti nel frattempo.
Sul pianeta madre di Salene, Brone supervisiona il corretto funzionamento del ripristino di un' antica arma Goda, qualcosa di molto simile ad un più potente cannone ad onde moventi, tuttavia Brone ritiene che questa sia solo la punta di un iceberg, perché è sicuro che tra i reperti della civiltà vi sia qualcosa di ancora più potente: una sorgente di 10 ° livello di energia Monopole così forte che potrebbe concedere a lui e al suo esercito di uomini geneticamente migliorati, un’influenza e un domino inimmaginabile su tutto l’universo.
La Yamato, intanto, è attraccata all'interno della stazione spaziale, Shima, Nabu, Aga e Marcy, raccontano la loro storia al comandante della stazione Rococò, qui tramite un ricordo dello stesso Shima, veniamo a sapere che lui era il capitano della precedente Yamato.
Shima racconta che la missione che gli avevano affidato 17 anni prima era quella di giungere su Rococò per recuperare dei dati su Goda, missione che fu improvvisamente interrotta da un attacco riportato dalle truppe di Salene.
Cercando di ritornare sulla nave, Shima era riuscito tra le devastazioni causate dall’attacco a strappare da morte certa la piccola Marcy ancora in fasce, mentre l’ufficiale Sakamoto aveva tratto in salvo Nabu. I due uomini erano riusciti a ritornare sani e salvi sull’astronave, ma poco più tardi la Yamato veniva abbattuta dal fuoco nemico precipitando poi su Rinbos.
Da allora Shima aveva vissuto su Rinbos come un normale capo officina in attesa della buona occasione per riprendere di nuovo il comando di una nave (opportunità offertagli casualmente da Nabu 17 anni dopo ).
Nelle retrovie di Salene intanto, Ameshis organizza una flotta gigantesca con cui contrattaccare la flotta terrestre e vincere la guerra.
Mentre Nabu, parte dell’equipaggio della Yamato e alcuni membri della stazione spaziale scendono verso la superficie del pianeta Rococò con una navetta della federazione per indagare sulle rovine sotterranee Goda, il loro mezzo terrestre appena addentratosi sotto la superficie è impossibilitato a muoversi a causa di uno sbarramento che impedisce al mezzo di proseguire, discesi dal veicolo i membri della spedizione trovano un cane, a cui Marcy darà poi il nome di ..Yamato…
Mentre Shima vezzeggia il nuovo arrivato, Marcy cade a terra priva di sensi, Nabu cerca disperatamente di farla rinvenire chiamandola a gran voce, ma la ragazza ode solo una voce femminile che le mostra immagini meravigliose dell’universo, risvegliatasi dal suo coma temporaneo, la ragazza sembra ora in grado di comprendere meglio alcune cose della civiltà Goda e lo dimostra tracciando con le mani alcuni simboli sulla parete che ora improvvisamente si schiude (per poi richiudersi subito dopo). Ritornati sulla Yamato la ragazza viene sottoposta ad alcune analisi che però non rivelano niente..
Integrata nella flotta terrestre, la Federazione decide di assegnare nuovi membri (più esperti) alla Yamato.
Quando i nuovi ufficiali giungono sul ponte per prendere i propri posti, iniziano le proteste di Nabu, che considerando questa una vera e propria appropriazione da parte della flotta, sbraita affinché le cose restino come stanno, ben presto però capirà che Shima non è uno sprovveduto e che sapeva sin dall’inizio che il computer madre avrebbe riconosciuto solo i membri dell'equipaggio iniziale, quindi il comando, gli armamenti e le parti più importanti della nave restano a loro discrezione con Shima come capitano.
L’atteggiamento di Shima dapprima remissivo e compiacente cambia ora trasformandosi in quella di un vero comandante: d’ora in avanti Shima pretenderà da tutti ordine e disciplina, il tempo degli scherzi è finito e la missione della Yamato assume così una veste ufficiale.
Ultimati i preparativi, la Yamato lascia la stazione spaziale per affrontare le truppe di Salene che dirigono verso la flotta terrestre.
Quando i nuovi ufficiali giungono sul ponte per prendere i propri posti, iniziano le proteste di Nabu, che considerando questa una vera e propria appropriazione da parte della flotta, sbraita affinché le cose restino come stanno, ben presto però capirà che Shima non è uno sprovveduto e che sapeva sin dall’inizio che il computer madre avrebbe riconosciuto solo i membri dell'equipaggio iniziale, quindi il comando, gli armamenti e le parti più importanti della nave restano a loro discrezione con Shima come capitano.
L’atteggiamento di Shima dapprima remissivo e compiacente cambia ora trasformandosi in quella di un vero comandante: d’ora in avanti Shima pretenderà da tutti ordine e disciplina, il tempo degli scherzi è finito e la missione della Yamato assume così una veste ufficiale.
Ultimati i preparativi, la Yamato lascia la stazione spaziale per affrontare le truppe di Salene che dirigono verso la flotta terrestre.
Le sequenze di combattimento sono ben curate, l’animazione è veloce e il dettaglio impiegato per rappresentare il combattimento è estremamente curato, si assistono a minuti di animazione ad alto livello.
In questo scontro la nuova Yamato fa la sua bella figura, particolarmente quando Shima ordina all'equipaggio di impiegare il nuovo cannone ad onde moventi.
Quando l’arma viene usata, questa crea una enorme voragine nella formazione distruggendo centinaia di astronavi nemiche, questo consente alla flotta terrestre di guadagnare tempo e di fuggire in un warp di massa. Tuttavia la Yamato sviluppa problemi al motore e rimasta sola nel quadrante, si ritrova rapidamente accerchiata da Ameshis e Rikyard. Per sfuggire ai missili del sommergibile di Rikyard.
Nabu suggerisce di dirigere la nave fino alla superficie del pianeta e penetrare con essa direttamente nel portale situato tra le rovine Goda.
Mentre dalla sala computer Marcy cerca di avere accesso ai dati che consentirà alla Yamato di attraversare il passaggio dimensionale, Nabu apre la strada all’astronave impiegando il cannone ad onde moventi. L’astronave accede così al passaggio per entrare nella Galassia Dragon, la vera dimensione da cui arrivarono gli Antichi Goda.
Ameshis e Rikyard rimasti con un palmo di naso imprecano per questa sconfitta, tuttavia Brone è informato che la Yamato è diretta alla volta della Galassia Dragon.
Cosa faranno d'ora in avanti la Yamato e Brone? Domande alle quali forse non sarà mai possibile dare una risposta. La produzione termina infatti qui con la Fine del volume 3.